随着地铁11号线的开通，从市区至机场的路程大大缩短，深航将自助值机设备入驻地铁11号线的中转枢纽福田站、车公庙站、后海站、前海湾站，实现从地铁站到登机口的无缝接驳，方便旅客顺利出行。自地铁11号线开通至今，通过地铁站办理自助值机手续的达到400余张。

深航还对旧版登机牌改造和升级，推出新版登机牌，新登机牌背面清晰地标明了乘机的路线和时间；推出深圳尊鹏阁阁内改签服务，免去旅客多次过检、往返值机柜台的麻烦，比起旅客自行到柜台办理，至少能够节省30分钟时间。从今年3月至今，阁内客票改签已完成上千单。